四樓住院區：護士站、雙人病房、單人間病房、VIP病房、露天花園
四樓住院區，并設護士站和1000平米露天花園。以現代化的溫馨治療環境、星級賓館式的病房設施和高品質的醫療護理團隊為患者提供貼心的服務，打造舒適的住院環境。護士臺24小時排班，每一位值班護士在交班之前要寫好病區患者的護理文案，明確職責。每周一早晨則實行專家帶頭查房制，專家帶領醫護團隊查看每一位患者的病情，叮囑注意事項。醫院定期開展醫護人員培訓，以提高病區護理品質。
二樓：男科診療區、中醫堂、輸液室、搶救室、男針灸室、女針灸室
二樓為醫院男科診療區、中醫堂、輸液室。男科診療區由專家定期坐診，治療各種男科和不孕不育病癥，采取中西醫結合手段，運用中醫、物理等傳統方法，結合現代醫學前沿微創技術，建設可供患者選擇的超市診療模式，努力做到方案透明、治療精準。中醫堂的設立，更是體驗出南京新協和醫院對祖國傳統醫學的傳承與發揚光大，中西醫有效結合，綜合診治，為患者早日康復，盡快實現為人父母的愿望提供多重保障。
